ส่วนบัญชาการ

สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ (สลก.ทร.)

กรมสารบรรณทหารเรือ (สบ.ทร.)

กรมกำลังพลทหารเรือ (กพ.ทร.)

กรมข่าวทหารเรือ (ขว.ทร.)

กรมยุทธการทหารเรือ (ยก.ทร.)

กรมส่งกำลังบำรุงทหารเรือ (กบ.ทร.)

กรมการสื่อสารและเทคโนโลยีสารสนเทศทหารเรือ (สสท.ทร.)

กรมกิจการพลเรือนทหารเรือ (กพร.ทร.)

สำนักงานปลัดบัญชีทหารเรือ (สปช.ทร.)

กรมการเงินทหารเรือ (กง.ทร.)

กรมจเรทหารเรือ (จร.ทร.)

สำนักงานตรวจสอบภายในทหารเรือ (สตน.ทร.)

สำนักงานจัดหายุทโธปกรณ์ทหารเรือ (สยป.ทร.)

สำนักงานพระธรรมนูญทหารเรือ (สธน.ทร.)

ส่วนกำลังรบ

กองเรือยุทธการ (กร.)

ทัพเรือภาคที่ ๑ (ทรภ.๑)

ทัพเรือภาคที่ ๒ (ทรภ.๒)

ทัพเรือภาคที่ ๓ (ทรภ.๓)

หน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน (นย.)

หน่วยบัญชาการต่อสู้อากาศยานและรักษาฝั่ง (สอ.รฝ.)

ฐานทัพเรือสัตหีบ (ฐท.สส.)

ฐานทัพเรือกรุงเทพ (ฐท.กท.)

กรมสารวัตรทหารเรือ (กรม สห.ทร.)

ส่วนยุทธบริการ

กรมการขนส่งทหารเรือ (ขส.ทร.)

กรมอู่ทหารเรือ (อร.)

กรมอิเล็กทรอนิกส์ทหารเรือ (อล.ทร.)

กรมช่างโยธาทหารเรือ (ชย.ทร.)

กรมสรรพาวุธทหารเรือ (สพ.ทร.)

กรมพลาธิการทหารเรือ (พธ.ทร.)

กรมแพทย์ทหารเรือ (พร.)

กรมอุทกศาสตร์ (อศ.)

กรมสวัสดิการทหารเรือ (สก.ทร.)

กรมวิทยาศาสตร์ทหารเรือ (วศ.ทร.)

ส่วนการศึกษาและวิจัย

กรมยุทธศึกษาทหารเรือ (ยศ.ทร.)

โรงเรียนนายเรือ (รร.นร.)

สำนักงานวิจัยและพัฒนาการทางทหารกองทัพเรือ (สวพ.ทร.)

หน่วยเฉพาะกิจ

ศูนย์ปฏิบัติการกองทัพเรือ (ศปก.ทร.)

กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด (กปช.จต.)

หน่วยเรือรักษาความสงบเรียบร้อยตามลำแม่น้ำโขง (นรข.)